ISAE Universidad abrió sus puertas como Instituto Superior de Administración de Empresas en 1985, siendo la primera entidad de educación post-media particular, aprobada por el Ministerio de Educación de Panamá, dentro de lo que se distingue como el tercer nivel de enseñanza superior. Fueron sus fundadores el Dr. Plutarco Arrocha y la Dra. Xiomara de Arrocha. En los ocho años de funcionamiento como Instituto Superior de Administración de Empresas se graduaron, como técnicos, más de 600 panameños en diferentes modalidades académicas del sector empresarial.

En 1994 mediante Decreto No.272 del 27 de mayo de 1994 se logra la creación de la Universidad y se le denomina ISAE Universidad, cambiando el significado de sus siglas por Institución Superior de Administración y Educación.

ISAE Universidad, fue acreditada por el Consejo Nacional de Evaluación y Acreditación Universitaria de Panamá CONEAUPA, mediante Resolución N° 24 del 28 de noviembre de 2012.